至二十世纪，鱼玄机引起许多学者关注，对其进行专门研究。 研究文章有许袆之《女诗人鱼玄机》、谭正璧之《中国女性的文学生活·鱼玄机》、卢楚娉之《女冠诗人鱼玄机》等，及至二十世纪八、九十年代，更有缪军之《试论晚唐女诗人鱼玄机及其诗作》、曾志援之《试评唐代女诗人鱼玄机的诗》、王中华之《敢于乱礼法的女性——谈鱼玄机的诗》、艾芹之《鱼玄机的女性意识及其爱情》、张乘健之《感怀鱼玄机》、苏者聪之《论唐代女诗人鱼玄机》、曲文军之《女诗人鱼玄机考证三题》等，二十世纪九十年代还出版了彭志宪等编著的《唐代诗人鱼玄机诗编年译注》。

　　通俗文化中，鱼玄机也是一个比较热门的题材。有颇多出版或未出版的网络小说以鱼玄机故事为蓝本，比如向哲著《新鱼玄机传奇》，薇在旦夕著《我与你说鱼玄机》，夏雨rain著《觉今是而昨非》，玻璃唇著《爱如鲜血流千年》，吴蔚著《鱼玄机》，莲香小荷著《烟姿柳：才女鱼玄机》，王小波著《寻找无双》等等。还有一些以鱼玄机故事为题材的影视作品，比如方令正执导的电影《唐朝豪放女》等。

　　关于鱼玄机的罪案，温州大学张乘健教授认为，《三水小牍》关于鱼玄机“妒杀”绿翘的故事有编造的痕迹。理由有二：一、绿翘已死，她死前和鱼玄机说的话来源不可靠；二、绿翘作为鱼玄机的女僮，年龄顶多不过十几岁，而说的话义正词严，全然不像天真烂漫的稚龄女孩子的口气。这些话未见得是皇甫枚所编造，很可能就出自京兆府刀笔吏对鱼玄机罪案的陈述；而绿翘斥鱼玄机“淫佚”，简直就是京兆府尹对鱼玄机严正的判词。张乘健认为，绿翘事件必定有复杂的背景，里面隐藏着隐秘的委曲和细节；所谓鱼玄机“妒杀”案是亘古之谜，也是千古奇冤。

　　关于对鱼玄机的评价，明代文学家钟惺在《名媛诗归》称“绝句如此奥思，非真正有才情人，未能刻划得出，即刻划得出，而音响不能爽亮……此其道在浅深隐显之间，尤须带有秀气耳。”现代作家施蛰存说：鱼玄机诗一卷，四十九首，还有一个南宋刻本……她的诗以五、七言律诗为多，功力在薛涛之上与李冶不相上下。